Distalni promotor
Distalni promotorski elementi regulatorne su DNK sekvence koje mogu biti udaljene mnogo kilobaza od gena koji regulišu.[1] Mogu biti pojačivači (povećavaju ekspresiju) ili utišivači (smanjuju ekspresiju). Djeluju vezivanjem proteina aktivatora ili represora (transkripcijski faktor), a posrednička DNK se savija tako da vezani proteini kontaktiraju jedarni promotor i RNK-polimerazu.[1]
U razvoju T-ćelija
[uredi | uredi izvor]Razvoj i aktivacija T-ćelija kontrolirani su komplementarnim postavljanjem proksimalnih i distalnih lck promotora. Generirano okruženje Lck-PROX miševa kada se približi proksimalnom promotoru pokazuje maksimalni lck protein i normalan razvoj timusa, dok distalni promotori dovode do deficita lck proteina i abnormalnih nivoa timusa.[2] Dalja istraživanja u kasnoj fazi razvoja timocita otkrivaju da će distalni Lck promotor sa vođenim Cre rezultirati time da distalni lck promotor gena ograničava njegovu ekspresiju Cre unutar urođenih T-ćelija. Postoji specifična funkcija za tip ćelije u urođenim T-ćelijama zasnovana na distalnom lck promotoru – vođenom Cre.[3]
U kancerima
[uredi | uredi izvor]Višestruke studije su otkrile abnormalnosti u distalnim promotorima unutar ćelija raka. Naprimjer, preaktivni distalni promotor koji se nalazi oko jedne kilobaze od gena MUC5B doprinosi atipičnoj ekspresiji ovog gena u ćelijama raka želuca.[4] Slično tome, nekoliko polimorfizama u distalnom promotoru RUNX3 mijenja funkciju promotora, povećavajući aktivnost transkripcijskog faktora NF-κB i ekspresiju gena IL1B. Ovi polimorfizmi su povezani sa povećanom podložnošću raku želuca.[5]
Još jedan gen povezan s rakom je EGLN2, koji se nalazi u hromosomu 19 (regija 19q13.2). Ovaj gen kodira enzim koji može prepoznati konzervirane prolilnske ostatke i hidroksilirati ih u α-podjedinici faktora inducibilnog hipoksijom (HIF). Funkcionalni polimorfizam je insercija/delecija od 4bp unutar distalnih promotora, što može uticati na ekspresiju EGLN2.[6]
U RNK polimerazi II (RNAP2)
[uredi | uredi izvor]Distalni promotori u RNK polimerazi II vežu se za elemente pojačivača i mogu djelovati kao marker za aktivne regulatorne sekvence.[7]
Reference
[uredi | uredi izvor]- 1 2 Roeder RG (November 1991). "The complexities of eukaryotic transcription initiation: regulation of preinitiation complex assembly". Trends in Biochemical Sciences. 16 (11): 402–408. doi:10.1016/0968-0004(91)90164-Q. PMID 1776168.
- ↑ Chiang YJ, Hodes RJ (October 2016). "T-cell development is regulated by the coordinated function of proximal and distal Lck promoters active at different developmental stages". European Journal of Immunology. 46 (10): 2401–2408. doi:10.1002/eji.201646440. PMC 5183457. PMID 27469439.
- ↑ Figueroa MG, Parker LM, Krol K, Zhao M (September 2021). "Distal Lck Promoter-Driven Cre Shows Cell Type-Specific Function in Innate-like T Cells". ImmunoHorizons. 5 (9): 772–781. doi:10.4049/immunohorizons.2100079. PMC 8612026 Provjerite vrijednost parametra
|pmc=(pomoć). PMID 34583938 Provjerite vrijednost parametra|pmid=(pomoć). - ↑ Perrais, Michaël; Pigny, Pascal; Buisine, Marie-Pierre; Porchet, Nicole; Aubert, Jean-Pierre; Seuningen-Lempire, Isabelle Van (2001-01-01). "Aberrant Expression of Human Mucin GeneMUC5B in Gastric Carcinoma and Cancer Cells: IDENTIFICATION AND REGULATION OF A DISTAL PROMOTER *". Journal of Biological Chemistry (jezik: English). 276 (18): 15386–15396. doi:10.1074/jbc.M010534200. ISSN 0021-9258. PMID 11278696.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
- ↑ Lim, Byungho; Ju, Hyoungseok; Kim, Minjin; Kang, Changwon (2011). "Increased genetic susceptibility to intestinal-type gastric cancer is associated with increased activity of the RUNX3 distal promoter". Cancer (jezik: engleski). 117 (22): 5161–5171. doi:10.1002/cncr.26161. ISSN 1097-0142. PMID 21523770.
- ↑ Zhang, Shulong; Zhu, Kaihua; Zhang, Zuoliang; Wang, Hui; Wang, Xiaolong (October 2019). "Association between an indel polymorphism within the distal promoter of EGLN2 and cancer risk: An updated meta-analysis". Molecular Genetics & Genomic Medicine. 7 (10): e00936. doi:10.1002/mgg3.936. PMC 6785434. PMID 31414584.
- ↑ Savic, Daniel; Roberts, Brian S.; Carleton, Julia B.; Partridge, E. Christopher; White, Michael A.; Cohen, Barak A.; Cooper, Gregory M.; Gertz, Jason; Myers, Richard M. (December 2015). "Promoter-distal RNA polymerase II binding discriminates active from inactive CCAAT/ enhancer-binding protein beta binding sites". Genome Research. 25 (12): 1791–1800. doi:10.1101/gr.191593.115. ISSN 1549-5469. PMC 4665001. PMID 26486725.
