A súa orixe é precolombiana. Os aztecas chamábana "Paxtitlan", que significa "palleiro", mais o nome de agora provén da lingua purépecha, de "Quanaxhuato", que quere dicir "lugar cheo de ras".
As minas de ouro e prata foron a principal riqueza da cidade e da rexión. Na guerra de independencia, Miguel Hidalgo liderou unha importante batalla aquí. Hai en Guanajuato unha importante actividade universitaria. A cidade histórica é Patrimonio da Humanidade, xunto ás minas adxacentes.
Guanajuato, aínda que é a capital do estado, é apenas a quinta maior cidade, detrás de Léon, Irapuato, Celaya e Salamanca. A poboación do censo de 2005 foi de 171.709 persoas. Ten unha extensión de 78km ².
